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 所有鑒定蛋白GO、KEGG和COG功能注釋分析

服務價格:

服務分類:醫藥制品檢測

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北京百泰派克生物科技有限公司

負責人:李欣

聯系人:李欣

聯系電話:010-57231915 15201377680

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鑒定到的全部蛋白質進行GO、KEGG和COG的功能注釋分析。

GO功能注釋

GO(Gene Ontology)是基因本體聯合會(Gene Ontology Consortium)所建立的數據庫,旨在建立一個適用于各種物種的,對基因和蛋白功能進行限定和描述的,并能隨著研究不斷深入而更新的語義詞匯標準。通過建立一套具有動態形式的控制字集(controlled vocabulary),來描述基因及蛋白質在細胞內所扮演的角色,從而來全面描述生物體中基因和基因產物的屬性。

該數據庫總共有三大類,分別是生物學過程(Biological Process, BP)、細胞定位(Cellular Component, CC)和分子功能(Molecular Function, MF),各自描述了基因產物可能行使的分子功能,以及所處的細胞環境和參與的生物學過程。GO數據庫中最基本的概念是節點或條目(Term),每個節點都有一個名稱,比如“Cell”、“Fibroblast Growth Factor Receptor Binding”或者“Signal Transduction”,同時有一個唯一的編號,如“GO:nnnnnnn”。

基于鑒定到的蛋白ID,采用mapping的方式從Uniprot數據庫中得到蛋白質的GO數據庫注釋信息,對蛋白質進行功能分類注釋。針對BP,CC和MF中所涉及的GO節點,列出所有相應蛋白質個數,同時分別對表達蛋白的二級分類情況做出統計圖。

1. 列出每個蛋白對應的Gene ontology ID

注:Protein,蛋白名稱;Gene ontology IDs,蛋白對應的GO編號。

2. 二級分類結果,列出各個二級功能節點中所有的蛋白質數目和蛋白ID:

注:GO-Terms,GO節點名稱;Seqs_num,注釋到該GO節點的蛋白數量;ID,節點中的蛋白ID。

3. GO多層level注釋統計結果

注:Level,GO節點所屬level層級;GO_ID,GO編號;GO_Name,GO節點名稱;GO_Type,GO類型,共三大類;Protein_ number,該分類下蛋白數量;Protein_Names,該分類下所有蛋白ID。

4. GO二級分類統計圖

差異表達蛋白的GO二級注釋

注:橫坐標為GO三大分類下的二級Term,三大類用不同的顏色表示;縱坐標(左)表示注釋到該Term的蛋白數目及占所有鑒定到的蛋白數目的百分比;縱坐標(右)表示該分類中的蛋白數量。

5. GO levels分類統計圖

根據不同levels中GO節點注釋到的蛋白數量,選擇數量最多的20個GO節點進行展示,如圖所示:

蛋白質在不同level中的注釋結果統計圖

注:橫坐標是富集到蛋白的百分比,縱坐標是按最大層級從小到大排列。不同level用不同的顏色顯示,每個柱子后面的數字是該分類中的蛋白數量。

KEGG功能注釋

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)[3]數據庫是系統分析基因產物在細胞中的代謝途徑以及這些基因產物功能的數據庫。它整合了基因組、化學分子和生化系統等方面的數據,包括代謝通路(PATHWAY)、藥物(DRUG)、疾病(DISEASE)、基因序列(GENES)及基因組(GENOME)等。利用該數據庫有助于把基因及表達信息作為一個整體的網絡進行研究。

1. 所有鑒定蛋白KEGG Mapping結果統計

蛋白質mapping結果統計表

注:Protein,鑒定到的蛋白ID;Gene ID,蛋白的基因ID;Gene name,蛋白的基因名稱;Hyperlink,基因的詳細注釋信息鏈接。

2. 所有鑒定蛋白KEGG結果注釋統計

Kegg注釋結果統計表

注:Protein,鑒定到的蛋白ID,Gene ID,蛋白的基因ID;Gene name,蛋白的基因名稱;Hyperlink,基因的詳細注釋信息鏈接。

3. 所有鑒定蛋白Pathway統計

選擇含有蛋白數量最多的20個通路作圖如下:

KEGG注釋中含蛋白數量最多的20個通路

注:橫坐標為Kegg通路名稱,縱坐標為通路中蛋白數量,從左到右蛋白數量依次減少。

4. KEGG通路注釋圖

差異表達蛋白的通路注釋圖,如下:

KEGG注釋結果通路圖

注:相對于對照組來說,紅色框標記的酶與上調蛋白有關,綠色框標記的酶與下調蛋白有關。藍色框標記的酶與上調和下調蛋白均有關,框內的數字代表酶的編號(EC number),而整個通路由多種酶催化的復雜生化反應構成,此通路圖中與差異表達基因相關的酶均用不同的顏色標出,根據研究對象間的差異,重點研究某些代謝通路相關蛋白的差異表達情況,通過通路解釋表型差異的根源。

COG功能注釋

COG(Clusters of Orthologous Groups)數據庫是對基因產物進行同源分類的數據庫,是一個較早的識別直系同源基因的數據庫,通過對多種生物的蛋白質序列大量比較而來的。

對所有鑒定到的蛋白進行統計,作圖如下:

COG功能分類統計圖

注:橫坐標為COG各分類內容,縱坐標為蛋白數目。在不同的功能類中,蛋白所占多少反映對應時期和環境下代謝或者生理偏向等內容,可以結合研究對象在各個功能類的分布做出科學的解釋。


  • 18/11/22 15:57

    張*

    蛋白質質譜鑒定結果的GO、KEGG分析?

    您好,想問一下對于蛋白質質譜鑒定結果怎么進行GO/KEGG的注釋分析,需要用到蛋白質的什么信息嗎?還是需要提供基因的信息?
  • 19/01/01 14:23

    曾世*

    對差異蛋白做GO、KEGG分析

    做了蛋白組學,篩出了差異蛋白,現在想進行GO KEGG分析
  • 19/01/09 22:21

    蔣*

    你好

    你好,我們用labelfree的方法做了蛋白質組檢測,想問下這樣的數據是否可以做go分類以及kegg分類和注釋?可以的話怎么收費?
  • 19/03/22 13:23

    江艾*

    質譜鑒定結果分析

    我的一個質譜鑒定結果有大概210個蛋白需要進行蛋白GO、KEGG、COG功能注釋分析,要多少錢?多久能得到分析結果
  • 19/06/20 10:23

    劉潤*

    蛋白功能go分析

    已經使用化學蛋白組學將蛋白分離出來,需要將這一類蛋白進行功能分類,請問GO分析如何處理呢。
  • 19/09/11 10:24

    卓亞*

    想要做COG功能注釋費用怎么收呢

    費用問題以及時間問題
  • 19/11/19 16:18

    董*

    GO

    細菌蛋白GO注釋
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